Nesta eleição, 53 prefeitos entre as 93 grandes cidades do país disputaram um segundo mandato, mas somente 32 conseguiram ser reeleitos, o que corresponde a uma taxa de reeleição de 60,4%.
O percentual é maior que nas últimas eleições, em 2012, quando de 37 prefeitos que disputaram a reeleição, 21 conquistaram um segundo mandato, o que equivale a 56,8%.
Em 2008, também nas eleições municipais, de um total de 51 prefeitos que se candidataram, 44 conseguiram se reeleger (86,3%).
As grandes cidades são as 26 capitais e outras 67 cidades com mais de 200 mil eleitores, onde é possível a realização de segundo turno. Em 2012 e 2008, o grupo das grandes cidades foi menor, com as 26 capitais e 59 cidades com mais de 200 mil eleitores.
O número de reeleitos em 2016, no entanto, pode crescer. Entre os candidatos está o prefeito de Taubaté, José Bernardo Ortiz Júnior (PSDB), que obteve mais da metade dos votos válidos e seria eleito no primeiro turno. Mas ele teve a candidatura indeferida e o caso ainda não foi julgado em definitivo pela Justiça Eleitoral.