Oficialmente, o México encerrou as investigações em 2015, quando a Procuradoria-Geral da República divulgou a versão final das investigações. As autoridades mexicanas concluíram que os 43 estudantes foram presos pela polícia e depois entregues aos algozes. As mortes foram tratadas como uma "briga de facções" pela PGR, com o envolvimento do então prefeito de Iguala, José Luis Abarca, e de autoridades do Estado de Guerrero.
Foi a mando de Abarca que os estudantes foram detidos pela polícia, inicialmente com o intuito de impedir a manifestação estudantil num evento onde sua mulher, María de los Ángeles Pineda, divulgaria resultados do Sistema Municipal para Desenvolvimento Integral da Família. Abarca e Pineda foram presos em novembro de 2014, acusados de orquestrar o assassinato dos 43 estudantes.
Em 2016, os dois foram condenados por um tribunal federal mexicano por delinquência organizada, lavagem de dinheiro e enriquecimento ilícito. Segundo reportagem do jornal La Jornada, a Justiça Federal entendeu que a Procuradoria-Geral mexicana havia reunido indícios suficientes apenas para processá-lo por estes três crimes, sem incluir sua responsabilidade no massacre de Ayotzinapa.
As informações, no entanto, além de contraditórias não explicitaram os reais motivos do crime. Investigações feitas pela repórter mexicana Anabel Hernández mostraram que, além da polícia local, também havia carros da Polícia Federal e do Exército na operação que sequestrou os 43 jovens.
"Os protagonistas desse massacre são Humberto Castillejos [conselheiro jurídico do presidente Peña Nieto até 2017], o homem mais forte do governo federal, que se encargou de encobrir a investigação, (...) e Luis Enrique Miranda Nava, subsecretário de governo. Esse grupo é a chave do que passou naquela noite", disse Hernández a um programa de televisão mexicano em 2016, afirmando ainda que teve de se exilar do país em função da investigação que estava fazendo.
O Estado mexicano tem muita responsabilidade neste crime. Houve participação direta dos agentes do Estado, inclusive muitos grupos tentaram criminalizar o presidente Enrique Peña Nieto, afirmando que ele teria tido participação direta. A Justiça mexicana, entretanto, não levou para frente essas acusações
Danillo Avellar Bragança, professor-colaborador de Relações Internacionais da Universidade Federal Fluminense