Outro cargo de extrema confiança do papa é o de confessor, isto é, o padre que ouve e perdoa seus pecados. Não é público o nome do confessor do papa e, por princípio, a confissão de qualquer pessoa deve ser mantida sob absoluto sigilo. O que se sabe publicamente de Bergoglio é o que ele mesmo revelou à jornalista portuguesa Aura Miguel, da Rádio Renascença.
"A cada 15 ou 20 dias me confesso, com um franciscano, o padre Blanco, que tem a bondade de vir aqui [no Vaticano]", contou o papa, e brincou: "Nunca tive de chamar uma ambulância para o levar de volta para casa, assustado com os meus pecados!" Também é sabido que, nos tempos de bispo na Argentina, se confessava com o igualmente franciscano Berislao Ostojic, um padre croata que morreu em 2015.
Outro confessor que sempre admirou foi o padre Luis Dri, de 89 anos, a quem escreveu uma carta em 2015 e que citou no livro do jornalista Andrea Tornielli, O nome de Deus é misericórdia, como exemplo de bom confessor. "Quando um sacerdote vive a misericórdia sobre si mesmo, pode doá-la aos outros", afirmou.
Em outra ocasião, falando sobre confissões aos padres da Diocese de Roma, papa Francisco confessou publicamente que, certa vez, roubou a cruz de um cadáver, quando já era bispo auxiliar. Foi do padre José Aristi, um sacerdote que, segundo Bergoglio, era famoso por sua bondade com os que o procuravam em confissão. "Arranquei com um pouco de força a cruz do seu terço e invoquei ao padre Aristi: me dê a metade da sua misericórdia."