Depois dos embates com os comandantes sobretudo por questões de soldo e a exposição na mídia de campanha reivindicatória, Bolsonaro assumira alguma liderança e admiração entre militares.
Com base nisso é que se candidataria pela primeira vez a um cargo político: o de vereador do Rio de Janeiro. Em grande maioria com votos vindos da classe militar, Bolsonaro, filiado ao PDC (Partido Democrata Cristão), se elegeria com 11.062 votos, na eleição de novembro de 1988. Tornava-se, assim, capitão da reserva remunerada do Exército, deixando a caserna.
Desde o princípio, Bolsonaro fez questão de ser uma voz representativa dos assuntos militares dentro do Legislativo, defendendo-os com unhas e dentes e principalmente com discursos duros e inflamados.
Na Câmara do Rio, ele ficou apenas dois anos, pois foi eleito deputado federal em 1990. Seriam, depois, mais seis mandatos como deputado federal, até ser o mais votado no estado do Rio de Janeiro, em 2014, com mais de 460 mil votos.
Em entrevista concedida em 1993 a pesquisadores da Fundação Getulio Vargas, o general Ernesto Geisel -- presidente do Brasil entre 1974 e 1979, durante o regime militar -- criticou Bolsonaro ao comentar a participação de militares na política brasileira.
"Presentemente, o que há de militares no Congresso? Não contemos o Bolsonaro, porque o Bolsonaro é um caso completamente fora do normal, inclusive um mau militar", afirmou Geisel.
Apesar de enfrentar alguma resistência, Bolsonaro cultivou a imagem de defensor intransigente das questões militares de ordem prática, como soldos e previdência, e tornou-se o mais ativo defensor da imagem das Forças Armadas no Congresso Nacional.
Daí a defesa do suposto legado do golpe militar de 1964, que ele denomina de "gloriosa contrarrevolução", que impedira, na sua visão, a instalação de um regime comunista no Brasil. No Parlamento, tornou-se tradição anual seu discurso de homenagem ao regime militar, a cada aniversário do golpe.
Também atacou constantemente movimentos sociais, por exemplo os de luta pela democratização da terra, como o MST (Movimento dos Trabalhadores Rurais sem Terra), cujos integrantes chama de "vagabundos".
Entre seus projetos polêmicos propostos, está o que "aumenta a pena para os crimes de estupro e estupro de vulnerável, exige que o condenado por esses crimes conclua tratamento químico voluntário para inibição do desejo sexual como requisito para obtenção de livramento condicional e progressão de regime", conforme descreve o projeto de lei 5398/2013.